清政府把蒙古族聚居地分为外藩蒙古，内属蒙古。土默特右旗属内属蒙古， 由中央政府实行直辖制，直隶于蒙古衙门(后改为理藩院)。“归化城土默特左右旗，崇德元年(1636年)设。”以古禄格为左翼都统，杭高为右翼都统。都统驻归化城(今呼和浩特)，右翼都统府设在今呼和浩特恒昌店小学。旗下辖6个甲，首甲头领为参领。二、三、四、五、六甲头领为佐领。一个佐领管理150正户。

康熙三十二年(1693年)，费扬古为安北将军，驻归化城。管辖土默特两翼都统。乾隆三年(1738年)，设绥远城建威将军。将军统率绥远城驻防的满八旗官兵， 还管理乌兰察布盟、伊克昭盟事务。乾隆二十六年(1761年)，改绥远城建威将军为绥远将军，撤土默特两翼都统，各留副都统1人。乾隆二十八年(1763年)，以两翼都统事务改归将军管辖，将两翼都统裁撤，只设归化城副都统1人。

雍正元年(1723年)，设归化城理事同知厅(归化厅)，隶属山西省大同府，管辖土默特部内的汉民，为蒙汉分治之始。雍正七年(1729年)，改属山西省朔平府。雍正十二年(1734年)，设笔帖式1员，驻扎萨拉齐。笔帖式是低级官员，掌管翻译满、汉章奏文书，由满洲、蒙古和汉军旗人担任。

乾隆四年(1739年)归化城之东北筑绥远城，增缓远城理事同知厅，同年，设萨拉齐、善岱二协理通判，隶属归化厅管辖。通判是分管粮运农田水利等事务。乾隆六年(1741年)，设归绥道，全称“山西总理旗民蒙古事务分巡归绥兵备道”处理绥远各旗民、蒙民之间的交涉、刑讼事务，并负责监督征收牲畜税、贩运税。道员秩正四品，下属归化厅、绥远厅。“亁隆四年(1739年)，置萨拉齐善岱二协理通判。六年(1741年)隶归缓道，二十五年(1760年)改理事厅，以善岱协理通判省入。同治四年(1865年)改置同知，光绪十年(1884年)，改抚民。亁隆二十六年(1761年)，萨拉齐、西包头、昆都仑等口差蒙古笔帖式2员，分督征收牲畜税。乾隆二十九年(1764年》，裁归化城通判。六年(1741年)隶归缓道，分设萨拉齐等五通判。厅是新开发地区的一种行政建置，萨拉齐厅为直录厅，其长官为同知或通判。同知为正五品，通判为正六品。萨拉齐厅初为通判，同治五年(1806年)升同知。关外驻防区置理事同知，掌狱讼，萨拉齐厅下属有巡检(从九品)2人，1 驻萨拉齐，1人驻包头。

光绪二十九年(1903年)，后套地区从萨拉齐厅析出，设五原厅。光绪三十二年(1906年)，鄂尔多斯地区从萨拉齐析出，设东胜厅。